В 1890-м пятнадцатилетний солдат 7-го кавалерийского попал в Бойню на ручье Вундед-ни, где американские солдаты по ошибке истребили целое племя. Глубоко шокированный, рядовой становится верующим человеком. Он меняет жизнь, крестится и в ответ на вопрос священника о имени, представляется: «Захария Гейл Комсток«.
Позже он переживает религиозное откровение. Захарии является ангел по имени Коламбия, которая рассказывает ему будущее. Узнав, что его ждет, Захария объявляет себя пророком.
Он знакомится с физиком Розалиндой Лутес, которая изучает свойства квантовых частиц. Захария финансирует ее исследования (не без помощи правительства США) и вместе они закладывают летающий город, который назвали именем ангела.
В 1893-м город Коламбию показывают на публичной ярмарке в Чикаго. Между тем, продолжая работу, Розалинда находит способ заглянуть в любую точку времени в любом вероятном мире. Она узнает, что в одной из параллельных вселенных родилась, как мужчина по имени Роберт. Двое быстро становятся друзьями и Розалинда вытягивает Роберта к себе.
Пользуясь исследованиями пары, Захария путешествует по измерениям. Его вояж приносит в Коламбию новые технологии, но влияние машины меняет пророка. Захария быстро стареет, заодно теряя потенцию. Он изучает свое будущее и понимает, что умрет в течении 20 лет.
Ему срочно нужен наследник. Где его взять? В одном из параллельных миров Комсток находит версию себя, солдата, который не смог изменить свою жизнь, никогда не крестился и не брал себе новое имя. Его по-прежнему зовут Букер ДеВитт, он много проигрывает на бегах. Но зато у него есть дочь по имени Анна.
Захария посылает Роберат Лутеса с предложением «Доставь нам девочку, сотри свои долги». ДеВитт соглашается, однако в последний момент передумывает. Букер-неудачник гонится за Букером-пророком до портала на Коламбию, где в короткой драке проигрывает дочь. Портал схлопывается перед ним, заодно отрезав ребенку палец.
Дома Захарию ждет скандал, верующая жена не принимает ребенка. Она закатывает ему истерики: «Ты изменял мне с физичкой, сволочь, да?» и угрожает публичной ссорой. Захария убивает ее, заодно подставив чернокожую служанку Дэйзи Фицрой. Спаясь, та уходит в подполье, где становится лидером движения бедных Vox Populi.
Комсток переименовывает Анну в Элизабет и, пользуясь технологиями других вселенных, превращает ее «квантовую девочку». Уже в маленьком возрасте по своему желанию она может путешествовать в параллельные миры. Чтобы Элизабет не сбежала, Захария запирает ее внутри тюрьмы-монумента в форме ангела Коламбия. В это здание встроена машина, которая ограничивает способности девушки.
Как патриот и консерватор, он также вмешивается в политику. В 1901-м, когда в Китае идет народный бунт против иностранных стран – Боксерское востание – Комсток сжигает Пекин. Его поступок приводит к ссоре с Белым домом, после чего Комсток официально отделяет город от Америки в собственное государство.
Между тем, «близнецы» Лутесы из помощников становятся проблемой. Они узнают будущее и понимают, что Комсток хочет использовать Элизабет, чтобы подчинить себе США. Физики решают вернуть девочку в ее собственную измерение. Пытаясь остановить их, пророк саботирует их машину порталов, но вместо того, чтобы убить, выбивает пару из правил реальности. После несчастного случая Лутесы получают возможность путешествовать по мирам без помощи машин.
Поискав возможность для симметричного ответа, они находят одну вероятность – спивающегося отца Букера ДеВитта, который после потери дочки вырезал ее инициалы у себя на руке и постепенно сходит с ума. Лутесы перемещают его в свой мир, выдают пистолет и повторяют «Доставь нам девочку, сотри свои долги».
Скачки между измерениями меняют память. Сознание Букера, пытаясь собрать внятное прошлое из разрозненных кусков, прячет от хозяина историю с продажей. Он спасает Элизабет, а заодно, почти случайно, помогает красной армии Vox Populi. Та устраивает революцию и топит Коламбию в крови.
В конце Букер убивает Захарию Комстока, с помощью Лутесов и Элизабет пробежав по одному из вариантов развития событий, которые тот не учел. Заодно он уничтожает машину, которая ограничивала силу Элизабет. Та получает возможность заглянуть во все миры и все времена и узнает историю своей жизни.
Показывая Букера перекрестки вселенных, она обсуждает с ним: Как мы можем исправить все зло Комстока? Спасти Америку? Погибших на Коламбии? Букер, не помня прошлого, говорит, что единственный путь задушить Захарию в колыбели.
Элизабет отправляется с ним к моменту крещения, где тот поменял свое имя, на двадцать лет назад. Там их уже ждут дочки из других миров. Вместе они топят Букера, таким образом вычеркивая возможность появления Захария Комстока, «квантовых Элизабет» и разных версий Коламбии, как таковых. По сути, совершая массовое самоубийство.
После титров Букер из вероятности, в которой он никогда не крестился, просыпается за столом и идет проверять свою дочь.
Хотя скорее отцом Райна 
Почитай мой пост выше
Их целью было уничтожить "плохие" вселенные с Комстаком. Вообще имеет ли смысл убивать вселенные с Комстаком? По моему в масштабах теории параллельных вселенных, количество которых стремится к бесконечности, это не имеет значения. Лучше уничтожили вселенные, в которых родился Гитлер 
Вселенные, где Букер обычный человек по прежнему бы существовали.
Выбор основывается на определённом стечении факторов, внутренних предпочтений человека и т.д. Точно также как подброшенная монетка упадёт той стороной, с которой она должна упасть в соответствии с законами физики, преданному ускорению и т.д. 
Но в любом случае отправной точкой было крещение, но благодря элизабет комсток уже не мог появится на свет