Устаревший патрон с закраиной, затрудняющей подачу из магазина и потребовавшей введения по сути лишней в ином случае, достаточно сложной в изготовлении и уязвимой к повреждениям детали — отсечки-отражателя (позднее в ходе модернизации заменённой на две более простые в производстве детали; тем не менее, наиболее совершенные системы магазинов обеспечивали надёжную подачу патронов с закраиной и без отсечки как отдельной детали, например магазин системы Ли к винтовкам Ли-Метфорд и Ли-Энфилд с двухрядным расположением патронов, позволивший увеличить ёмкость магазина винтовки с 5 до 8-10 патронов);
Горизонтальное расположение боевых упоров личинки затвора при запирании, увеличивающее рассеивание; винтовки с наилучшим боем уже в то время имели вертикальное расположение боевых упоров при запертом затворе;
Длинный и тяжёлый спуск без «предупреждения», мешающий меткой стрельбе;
Рамочная непружинная обойма, затрудняющая заряжание; уже существовавшие на тот момент пружинные пластинчатые обоймы, в том числе и обойма Мосина, были совершеннее, хотя и дороже принятой обоймы Нагана;
Длинный и крайне устаревший игольчатый штык с коленчатой шейкой, крепящийся на стволе, а не на ложе;
Пехотная и драгунская винтовки пристреливались со штыком, то есть, при стрельбе он должен был находиться на винтовке, иначе точка попаданий существенно смещалась, что делало готовое к бою оружие громоздким; штык со временем разбалтывался, вследствие чего меткость стрельбы из винтовки падала; казацкая винтовка пристреливалась без штыка, но всё равно была излишне тяжёлой и в целом неудобной для стрельбы с коня и ношения конником; разбалтывание штыка устранено на обр. 1891/30, но штык по-прежнему должен был находиться на оружии при стрельбе; полностью решена эта проблема была лишь на карабине обр. 1944 года введением неотъёмного перекидного штыка, который при стрельбе также оставался на оружии, но мог складываться, повышая удобство обращения с ним;
Короткая, не отогнутая к низу рукоятка затвора, затрудняющая его открывание, особенно когда гильза туго «засела» в патроннике; сильный вынос рукоятки вперёд из-за конструкции затвора и её горизонтальное расположение без изгиба вниз, что вынуждало стрелка отнимать приклад от плеча при перезаряжании, тем снижая скорострельность; (за исключением снайперских модификаций, имевших более длинную рукоятку, отогнутую вниз); передовые образцы тех лет уже имели сильно вынесенную назад рукоять, отогнутую книзу, что позволяло перезаряжать оружие, не отнимая приклада от плеча, тем самым повышая скорострельность, — эталонной в этом отношении можно считать рукоять винтовки Ли-Метфорд;
Стоит отметить, что и опытная винтовка Мосина 1885 года, и винтовка Нагана имели вынесенную назад рукоять затвора, расположенную в специальном вырезе, отделённом от окна для выброса стреляных гильз перемычкой, что ещё и усиливало ствольную коробку; однако при испытаниях винтовки 1885 года выяснилось, что при таком расположении рукояти часто происходят задержки при перезаряжании, вызванные тем, что длинные рукава солдатской шинели попадали между стеблем затвора и ствольной коробкой, и от отдельного выреза для рукояти посчитали необходимым отказаться, вернувшись к такой же конфигурации ствольной коробки, как на винтовке Бердана;
Прямая шейка приклада, менее удобная при вдумчивой стрельбе, чем полупистолетная на новейших на тот момент образцах винтовок, хотя и более удобная при стрельбе навскидку, а также более прочная и удобная в штыковом бою;
Предохранитель Мосина, — очень простой, но неудобный в использовании и маложивучий из-за скрашивания предохранительного выступа при частом использовании (насколько вообще нужен предохранитель на магазинной винтовке — вопрос спорный);
Некоторое отставание от передовых иностранных аналогов в оформлении мелких деталей и фурнитуры, например — устаревшие и быстро расшатывающиеся ложевые кольца, уязвимый к ударам прицел, менее удобные, чем боковые, нижние «пехотные» антабки (с 1910 года заменённые на также не самые удобные щели для прохода ремня, изначально имевшиеся на драгунской винтовке), неудобный упор шомпола и т. д.;
Низкое качество деревянных деталей из-за использования дешёвого дерева, особенно на поздних выпусках;